故事的主人公是高中生侦探——工藤新一
　　在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一看到两个黑衣人进行非法交易，因为看的太入神而被另一个黑衣人从后面击昏。那人乘机给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。结果新一虽然幸运的没有死，可是当他醒过来的时候居然变成了小孩的模样。

　　如果让黑社会组织知道新一还活着，就又会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。为了得到黑社会组织的情报，新一谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，在博士的帮助下成功的瞒过了小兰并且寄宿到她家——毛利侦探事务所。